宇宙世紀0087年－－
　地球連邦とジオン公国の戦争終結から７年。連邦政府は腐敗し、軍部のエリート組織「ティターンズ」が勢力をひろげつつあった。
　スペースコロニー・グリーンノアの少年カミーユ・ビダンは、女のような自分の名前にコンプレックスを抱いていたが、それを侮辱したティターンズの士官ジェリド・メサと争い、腹いせに彼のモビルスーツ、ガンダムＭｋ－IIを強奪する。
　追われる身となったカミーユはティターンズに対抗する連邦軍内の反地球連邦組織「エゥーゴ」に迎えられる。そこには、かつての赤い彗星、いまはクワトロ・バジーナと名乗るシャア・アズナブルが参加していた。やがてエゥーゴには元のホワイト・ベースのクルー、ブライト・ノアや、ハヤト・コバヤシ、長い幽閉生活から目覚めたアムロ・レイが集い、協調していく。

サブタイトル一覧

第１話「黒いガンダム」
第２話「旅立ち」
第３話「カプセルの中」
第４話「エマの脱走」
第５話「父と子と…」
第６話「地球圏へ」
第７話「サイド１の脱出」
第８話「月の裏側」
第９話「新しい絆」
第１０話「再会」
第１１話「大気圏突入」
第１２話「ジャブローの風」
第１３話「シャトル発進」
第１４話「アムロ再び」
第１５話「カツの出撃」
第１６話「白い闇を抜けて」
第１７話「ホンコン・シティ」
第１８話「とらわれたミライ」
第１９話「シンデレラ・フォウ」
第２０話「灼熱の脱出」
第２１話「ゼータの鼓動」
第２２話「シロッコの眼」
第２３話「ムーン・アタック」
第２４話「反撃」
第２５話「コロニーが落ちる日」
第２６話「ジオンの亡霊」
第２７話「シャアの帰還」
第２８話「ジュピトリス潜入」
第２９話「サイド２の危機」
第３０話「ジェリド特攻」
第３１話「ハーフムーン・ラブ」
第３２話「謎のモビルスーツ」
第３３話「アクシズからの使者」
第３４話「宇宙が呼ぶ声」
第３５話「キリマンジャロの嵐」
第３６話「永遠のフォウ」
第３７話「ダカールの日」
第３８話「レコアの気配」
第３９話「湖畔」
第４０話「グリプス始動」
第４１話「目覚め」
第４２話「さよならロザミィ」
第４３話「ハマーンの嘲笑」
第４４話「ゼダンの門」
第４５話「天から来るもの」
第４６話「シロッコ立つ」
第４７話「宇宙の渦」
第４８話「ロザミアの中で」
第４９話「生命散って」
第５０話「宇宙を駆ける」