U.C.0097――。
『ラプラスの箱』が開かれて一年。
ニュータイプの存在とその権利に言及した『宇宙世紀憲章』の存在が明かされても、世界の枠組みが大きく変化することはなかった。

のちに『ラプラス事変』と呼ばれる争乱は、ネオ・ジオン残党軍『袖付き』の瓦解で終結したかに見えた。
その最後の戦闘で、２機のフル・サイコフレーム仕様のモビルスーツが、人知を超えた力を示す。 白き一角獣と黒き獅子、２機の脅威は、封印されることで人々の意識から遠ざけられ、忘れ去られるはずだった……。

しかし、２年前に消息不明となっていたRX-0 ユニコーンガンダム３号機が、地球圏に再びその姿を見せ始めた。
金色の“不死鳥”……その名は、フェネクス――。