地球侵略に来たはずが、地球の暮らしになじんでしまったケロロ小隊。ある日、日向冬樹と一緒に不思議な祠を見つけたケロロは、誤ってそこに祀られていた壺を割り、封じられていた太古のケロン星の最終兵器キルルを復活させてしまう。