“シティーハンター”は、冴羽獠と槇村香、二人組のプロのスイーパー。ボディーガードから殺しまでどんな依頼でも、一度引き受けたからにはパーフェクトにこなす。依頼方法は、新宿駅東口の伝言板に自分の連絡先と「ＸＹＺ」と書くこと。これは後が無いという意味なのだ。今日もシティーハンターは、ライバルの海坊主や刑事の野上冴子などとともに、法では裁けない悪に立ち向かい、新宿の街で大活躍するのだった。
　ある日、西ガリエラ国の天才ピアニスト・ニーナが父親を探して欲しいと訪ねてきた。同じ頃、冴子は極東破壊工作情報を持つ情報屋が殺された事件を追っていた。その犯人は、東ガリエラ国情報部の「赤い死神」ことヘルゼン大尉。そして、このヘルゼンこそがニーナの父親だった。ヘルゼンは、愛するものを危険にさらしたくないと姿を消していたのだ。